Unter einer Futtermittelunverträglichkeit versteht man alle unerwünschten Reaktionen des Körpers, die auf die Aufnahme eines Futtermittels zurückzuführen sind. Die Ursachen dafür können nichtimmunologischer oder immunologischer Herkunft sein. Bei einer Futtermittelallergie reagiert das Immunsystem auf bestimmte Bestandteile, sogenannte Allergene, im Futter. Sowohl die Allergene als auch die Reaktionen darauf sind von Tier zu Tier unterschiedlich. Generell gilt jedoch, dass größere Eiweißbestandteile die Ursache für allergische Reaktionen sind. Diese Eiweiße können vom Tier, aber auch von Pflanzen oder sogar von Hefen oder Milben stammen. In allen Fällen ist es wichtig das Futtermittel, das nicht vertragen wird, aus der Ration zu eliminieren. Dafür nutzt man hypoallergene Diäten. Diese können auf zwei verschiedenen Ansätze basieren: a) Hydrolysierte Proteinquellen: dabei werden die Proteine so stark zerkleinert, das sie keine allergische Reaktion mehr auslösen können. b) Einsatz von ausgewählten Proteinquellen auf die das Tier nicht reagiert. Beide Futtermittel können bei ausbleibender Reaktion auch lebenslang weitergefüttert werden.
