Im Wasser sammeln sich mit der Zeit verschiedenste Stoffe an. Das sind zum einen hochgiftiges Nitrit, welches auch von Filterbakterien zu Nitrat abgebaut wird, sowie Nitrat und Phosphat, die das Algenwachstum fördern. Und zum anderen wird das Wasser durch die Ausscheidung von Kot und die abgestorbenen Pflanzenteilen verunreinigt. Ein regelmäßiger Wasserwechsel sorgt für eine gute Wasserqualität, denn dadurch werden die unerwünschten Stoffe verdünnt und damit nahezu unschädlich. Den Rest erledigen die Filterbakterien und Pflanzen. Sind diese nicht vorhanden, etwa in Aquarien mit pflanzenfressenden Malawiseebuntbarschen, ist der Wasserwechsel für die Fische geradezu überlebenswichtig.
Wie viel Wasser sollte gewechselt werden? Die zu wechselnde Wassermenge hängt ebenfalls von der Fischmenge ab. In normal besetzten Aquarien werden etwa 25 bis 30 Prozent des Wassers ausgetauscht, in dicht besetzten auch bis zu 50 Prozent.