Meerschweinchen zählen zu den Nestflüchtern. Im Gegensatz zu Nesthockern wie Kaninchen können Nestflüchter nach der Geburt ihren Eltern bereits folgen. Neben ihrem Haarkleid sind auch ihre Sinnesorgane und die Motorik voll entwickelt. Aus diesem Grund dauert die Tragezeit bei Nestflüchtern vergleichsweise länger.
Weibliche Meerschweinchen werden im Alter von drei bis vier Wochen geschlechtsreif, männliche mit drei Wochen oder einem erreichten Gewicht von 250 Gramm. Die Schwangerschaft ist erst ab der sechsten Woche sichtbar; daher kommt es vor, dass bereits trächtige Jungtiere gekauft werden. Bei einer geplanten Nachzucht beachten Sie bitte das Alter der Tiere zum Deckzeitpunkt, um die besten Voraussetzungen für Mutter und Nachwuchs zu schaffen. Weibchen sollten zum Zeitpunkt der Deckung ein Mindestalter von sechs Monaten erreicht haben. Sie sollten bei ihrer ersten Geburt jedoch nicht älter als ein Jahr sein, da Kalkablagerungen am Becken die Geburt erschweren und die Sterblichkeit drastisch erhöhen können.
Liegen zwischen zwei Würfen mehr als vier Monate, verknöchert das Becken ebenfalls und die Sehnen verlieren an Elastizität. Ein weiteres wesentliches Kriterium stellt das Gewicht der Meerschweinchen bei der Deckung dar: Böckchen müssen ein Mindestgewicht von 500 Gramm erreicht haben, Weibchen sollten mindestens 800, jedoch nicht mehr als 1000 Gramm wiegen. Beide Tiere müssen vollkommen gesund sein; Meerschweinchen, die bereits krank waren oder eine Totgeburt hatten, dürfen nicht zeugen oder austragen.
Bitte muten Sie aus gesundheitlichen Gründen keinem Meerschweinchen mehr als drei Würfe zu. Wegen des sogenannten Letalfaktors herrscht bei der Kreuzung einiger Rassen ein Zuchtverbot. Dalmatiner und Schimmel dürfen weder untereinander noch miteinander verpaart werden, da dieser Meerschweinchen-Nachwuchs sterben würde. Bei beiden Arten wird auch von einer Verpaarung mit Himalaya- sowie bunten Meerschweinchen abgeraten, da diese Dalmatiner oder Schimmel in ihrer Zuchtlinie aufweisen könnten.